Mithilfe der geheimnisvollen Transportanlage gelingt es Ben Corrigan und Moonstone, sich dem Zugriff der Schwarzen Garde zu entziehen. Doch am Zielort lauern weitere Gefahren. Sie geraten in die Fiebersümpfe, in deren Zentrum die Festung des MEGA-TEC liegt. Seine Schergen erwarten sie bereits und entführen Moonstone. Ben gerät in einen erbarmungslosen Kampf um den Chip, den er während der Auseinandersetzung in Starfox-City an den MEGA-TEC verloren hatte.
Wird es ihm gelingen, den Gegenstand wieder in seinen Besitz zu bringen?
Kann Moonstone aus ihrer Gefangenschaft fliehen?
Und welche Rolle spielen die Krieger des letzten Tages, die jeden töten, der sich dem Dunklen Herrscher nähert?